6X01 the beginning

멀더와 스컬리는 외계인 바이러스에 대해 상부에 보고하고, 엑스파일 부서를 다시 열어줄 것을 요청하지만, 거절당합니다. 또한 스컬리는 실제 자기 눈으로 외계인 바이러스의 성장 과정을 보지 못했기에 멀더만큼 확신을 가지지 못합니다.

아리조나 주 피닉스. 로쉬 회사 직원들이 카풀을 하고 있습니다. 그런데 한 직원이 유난히 식은땀을 흘리며 집에 돌아갑니다. 그는 자기 손을 보고 경악하는데, 피부가 거의 투명해진 것입니다. 그 다음날 동료가 데리러 옵니다. 집안은 히터를 올려놔 쪄죽을 지경인데, 그는 가슴과 배가 완전히 터져 있는 상태로 죽어있습니다. 그리고, 동료 역시 집안에 숨어있던 무언가에게 처참히 찢겨 죽고 맙니다.

멀더는 자신이 보았던 벌과 옥수수, 남극 기지에 대해 보고하지만 청문회원들은 영화 [맨인블랙]이냐고 비아냥댑니다. 멀더는 스컬리에게 보지 않았느냐고 묻지만 스컬리는 답하지 않습니다. 이에 멀더는 화를 내고 스컬리는 멀더가 본 것을 부정하는게 아니라 자신은 증명할 수 없는 것이라고 말합니다.

권력협회는 피닉스에서 일어난 사건을 다른 사건으로 위장하고 부화한 외계인을 찾아내라고 담배피우는 남자를 부릅니다.
타다 남은 엑스파일 부서의 자료를 복원하는 멀더에게 스키너가 찾아옵니다. 뒤를 조심하라는 스키너의 경고에도 멀더가 듣지 않자, 스키너는 피닉스에서 일어난 사건의 파일을 알려줍니다.

파일을 가지러 간 멀더는 자기 사무실에 스펜더가 있는 것을 봅니다. 어디서 낙하산이 비집고 오느냐는 말에 스펜더는 뭐하러 자기가 이런 일을 하겠냐고 받아칩니다. 그때 누군가가 들어오고, 파울리가 서 있습니다.

담배피우는 남자는 뇌수술을 하고 있던 깁슨을 억지로 끌고 피닉스로 출발합니다.
멀더는 피닉스의 사건 현장으로 막무가내로 가서 조사합니다. 멀더는 분명히 이 사건이 외계인 부화 사건이라고 생각합니다. 그리고 현장에서 손톱 조각 같은 것을 발견합니다.

한편 피닉스의 한 원자력 발전소에서 직원이 냉각기에 이상고온 현상이 나타나 조사하러 갔다가 살해됩니다.
멀더와 스컬리는 연락을 받고 가지만 이미 사건현장은 폐쇄되어 있습니다. 스펜더와 파울리는 의도적으로 둘을 들어가지 못하게 합니다. 할수없이 돌아가던 멀더와 스컬리는 차 안에서 기절해있는 깁슨을 발견합니다.

깁슨이 외계인을 찾을 수 있다는 멀더에게 스컬리는 일단 깁슨을 병원에 데려가자고 합니다. 그때 파울리가 찾아와 멀더에게 그때는 어쩔 수 없이 보냈지만 지금 찾으러 갈 수 있다고 말합니다. 멀더는 파울리와 원자력발전소로 가고 스컬리는 깁슨을 데리고 병원으로 갑니다.
몇가지 검사를 하려 하자 깁슨은 스컬리마저 자기를 실험실 쥐로 생각하고 있다며 말없이 화를 냅니다. 검사결과 깁슨이 스컬리가 감염되었던 외계인 바이러스와 동일한 유전자를 지니고 있다는 것이 나옵니다. 그러나 검사 결과가 나오는 사이 깁슨은 납치되고 맙니다.

한편 멀더와 파울리는 4번 냉각기 근처에서 허물껍질 같은 것을 발견합니다. 깁슨을 납치한 자는 외계인을 찾는데, 멀더와 철문 하나를 사이에 두고 마주칩니다. 그때 깁슨이 외계인이 여기 있다고 말합니다. 깁슨을 납치했던 자는 그 자리에서 살해되고 맙니다.
그때, 경보장치가 울리고 직원들이 몰려듭니다. 당황하는 멀더 앞에 파울리가 총을 겨눕니다.

스컬리는 파울리가 살해 정황을 거짓 보고했으며, 심지어 깁슨의 이야기도 뺐다고 말합니다. 그러나 멀더는 파울리가 엑스파일을 완전히 폐쇄하는 것을 막기 위해 그런 거라고 생각합니다. 스컬리는 멀더에게 피닉스에서 발견한 손톱 조각과 감염되었던 바이러스, 그리고 깁슨의 DNA 모두가 일치한다고 말합니다. 그리고 그 부분은 바로 인간이 사용하지 않는 부분이며 깁슨만이 사용할 수 있는 것이라고 말합니다. 즉 인간 모두가 '외계인의 DNA'라는 것을 가지고 있다는 결론이 나온 것입니다.

한편, 깁슨은 냉각기 옆에 앉아있습니다. 냉각수 안에서 외계인은 허물을 벗기 시작합니다.